El Bachillerato se imparte a los egresados de secundaria, y tiene una duración de tres años. Esta educación se brinda en instituciones de sostenimiento estatal, federal y particular; y se divide en las modalidades: Bachillerato General y Tecnológico.

El Bachillerato General se amplían y consolidan los conocimientos adquiridos en secundaria, se prepara al estudiante en todas las áreas del conocimiento y para su ingreso a la educación superior. El Colegio de Bachilleres de Baja California (COBACH) y el Centro de Educación Científica y Tecnológica (CECYTE) imparten esta modalidad.

El Bachillerato Tecnológico puede ser industrial, agropecuario y pesquero; los alumnos reciben, además de la preparación del bachillerato general, formación como técnicos calificados o como profesionales técnicos con lo cual se puede incorporar a la actividad productiva.

En el Bachillerato Tecnológico se ubican los (CBTI) Centros de Bachillerato Tecnológico Industrial que están a cargo de DGETI (Dirección General de Estudios Tecnológicos e Industriales) así como los Centros de Bachilleratos Tecnológicos Agropecuarios a cargo de DGETA (Dirección General de Estudios Tecnológicos y Agropecuarios), y los CET-MAR (Centros de Estudios Tecnológicos del Mar).